لولب ألفا
لولب ألفا alpha helix (α-helix)، هو النمط الشائع في البنية الثانوية للپروتينات وعبارة عن تركيبة لولبية-تجاه اليمين (أي لولب) تعطي فيه كل مجموعة أمين-N−H أساسية رابطة هيدروجينية إلى [[مجموعة C=O أساسية من الحمض الأميني الواقع على البقايا الثلاثة أو الأربعة السابقة على امتداد تسلسل الپروتين.
يطلق على لولب ألفا أيضاً لولب ألفا پولينگ-كوري-بارنسن الكلاسيكي. الاسم 3.613-helix يستخدم أيضاً للإشارة إلى هذا النوع من اللوالب، معطياً الرقم المتوسط للبقايا لكل لفة لولبية، حيث يوجد 13 ذرة في كل حلقة ناتجة عن الرابطة الهيدروجينية.
من بين البنى الموضعية للپروتينات، يعتبر لولب ألفا أكثرها انتظاماً والأكثر قابلية للتنبؤ من التسلسل، وكذلك الأكثر انتشاراً.
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
الاكتشاف
البنية
الهندسة والرابطة الهيدروجينية
المخططات ثنائية الأبعاد لتمثيل لوالب ألفا
الاستقرار
التحديد التجريبي
نزعات الحمض الأميني
جدول نزعات لولب ألفا تجاه الحمض الأميني القياسي
الفرق في الطاقة الحرة لكل بقية[2] الحمض الأميني 3-
لتر1-
لترالفرق اللولبي ك.س/مول ك.ج/مول ألانين Ala A 0.00 0.00 أرجنين Arg R 0.21 0.88 أسپاراجين Asn N 0.65 2.72 حمض الأسپارتيك Asp D 0.69 2.89 سيستين Cys C 0.68 2.85 حمض الگلوتاميك Glu E 0.40 1.67 گلوتامين Gln Q 0.39 1.63 گليسين Gly G 1.00 4.18 هيستيدين His H 0.61 2.55 آيزوليوسين Ile I 0.41 1.72 ليوسين Leu L 0.21 0.88 ليسين Lys K 0.26 1.09 مثيونين Met M 0.24 1.00 فنايلألانين Phe F 0.54 2.26 پرولين Pro P 3.16 13.22 سيرين Ser S 0.50 2.09 ثريونين Thr T 0.66 2.76 تريپتوفان Trp W 0.49 2.05 تيروسين Tyr Y 0.53 2.22 ڤالين Val V 0.61 2.55
العزم ثنائي الأقطاب
اللفائف الملتفة
التجمعات واسعة النطاق
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
الأدوار الوظيفية
ربط الدنا
مد الغشاء
الخصائص الميكانيكية
السمات الديناميكية
Helix–coil transition
في الفن
انظر أيضاً
- لولب 310
- لولب پاي
- Beta sheet
- Davydov soliton
- Folding (chemistry)
- Knobs into holes packing
- قالب:Proteopedia
المصادر
- ^ Lovell SC, Davis IW, Arendall WB, de Bakker PI, Word JM, Prisant MG, Richardson JS, Richardson DC (February 2003). "Structure validation by Calpha geometry: phi,psi and Cbeta deviation". Proteins. 50 (3): 437–50. doi:10.1002/prot.10286. PMID 12557186.
- ^ Pace, C. Nick; Scholtz, J. Martin (1998). "A Helix Propensity Scale Based on Experimental Studies of Peptides and Proteins". Biophysical Journal. Vol. 75. pp. 422–427. Bibcode:1998BpJ....75..422N. doi:10.1016/s0006-3495(98)77529-0.
قراءات إضافية
- Tooze, John; Brändén, Carl-Ivar (1999). Introduction to protein structure. New York: Garland Pub. ISBN 0-8153-2304-2.
{{cite book}}
: Unknown parameter|name-list-format=
ignored (|name-list-style=
suggested) (help). - Eisenberg D (September 2003). "The discovery of the alpha-helix and beta-sheet, the principal structural features of proteins". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (20): 11207–10. Bibcode:2003PNAS..10011207E. doi:10.1073/pnas.2034522100. PMC 208735. PMID 12966187.
- Astbury, WT; Woods, HJ (1931). "The Molecular Weights of Proteins". Nature. 127 (3209): 663–665. Bibcode:1931Natur.127..663A. doi:10.1038/127663b0.
{{cite journal}}
: Unknown parameter|name-list-format=
ignored (|name-list-style=
suggested) (help) - Astbury, WT; Street, A (1931). "X-ray studies of the structures of hair, wool and related fibres. I. General". Trans. R. Soc. Lond. A230: 75–101.
{{cite journal}}
: Unknown parameter|name-list-format=
ignored (|name-list-style=
suggested) (help) - Astbury, WT (1933). "Some Problems in the X-ray Analysis of the Structure of Animal Hairs and Other Protein Fibers". Trans. Faraday Soc. 29 (140): 193–211. doi:10.1039/tf9332900193.
{{cite journal}}
: Unknown parameter|name-list-format=
ignored (|name-list-style=
suggested) (help) - Astbury, WT; Woods, HJ (1934). "X-ray studies of the structures of hair, wool and related fibres. II. The molecular structure and elastic properties of hair keratin". Trans. R. Soc. Lond. A232: 333–394.
{{cite journal}}
: Unknown parameter|name-list-format=
ignored (|name-list-style=
suggested) (help) - Astbury, WT; Sisson, WA (1935). "X-ray studies of the structures of hair, wool and related fibres. III. The configuration of the keratin molecule and its orientation in the biological cell". Proceedings of the Royal Society. A150: 533–551.
{{cite journal}}
: Unknown parameter|name-list-format=
ignored (|name-list-style=
suggested) (help) - Sugeta, H; Miyazawa, T (1967). "General Method for Calculating Helical Parameters of Polymer Chains from Bond Lengths, Bond Angles, and Internal-Rotation Angles". Biopolymers. 5 (7): 673–679. doi:10.1002/bip.1967.360050708.
{{cite journal}}
: Unknown parameter|name-list-format=
ignored (|name-list-style=
suggested) (help) - Wada A (1976). "The alpha-helix as an electric macro-dipole". Advances in Biophysics: 1–63. PMID 797240.
- Chothia C, Levitt M, Richardson D (October 1977). "Structure of proteins: packing of alpha-helices and pleated sheets". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (10): 4130–4. Bibcode:1977PNAS...74.4130C. doi:10.1073/pnas.74.10.4130. PMC 431889. PMID 270659.
- Chothia C, Levitt M, Richardson D (January 1981). "Helix to helix packing in proteins". Journal of Molecular Biology. 145 (1): 215–50. doi:10.1016/0022-2836(81)90341-7. PMID 7265198.
- Hol WG (1985). "The role of the alpha-helix dipole in protein function and structure". Progress in Biophysics and Molecular Biology. 45 (3): 149–95. doi:10.1016/0079-6107(85)90001-X. PMID 3892583.
- Barlow DJ, Thornton JM (June 1988). "Helix geometry in proteins". Journal of Molecular Biology. 201 (3): 601–19. doi:10.1016/0022-2836(88)90641-9. PMID 3418712.
- Murzin AG, Finkelstein AV (December 1988). "General architecture of the alpha-helical globule". Journal of Molecular Biology. 204 (3): 749–69. doi:10.1016/0022-2836(88)90366-X. PMID 3225849.
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .