الفرق المتأهلة للبطولة في هذه النسخة تم تعيينها وفق نظام جديد مع قيام الاتحاد الآسيوي لكرة القدم بتغيير شكل دوري أبطال آسيا والتغييرات الكبيرة في الطريقة التي تدار بها المنافسة.
أجريت قرعة دور المجموعات في 12 يناير، 2009 في كوالالمبور، ماليزيا. قسمت الفرق على ثمان مجموعات مختلفة ويلعب كل ناد 6 مباريات بنظام الدوري (ذهابا وايابا). يتحصل الفائز على 3 نقاط للفوز، ونقطة واحدة لادراك التعادل، ولاشئ من النقاط عند الخسارة.
قاعدة كسر التعادل
يتم ترتيب الفرق في المجموعات حسب الأعلى نقاطا وحين يتشاوى أكثر من فريق بعدد النقاط يتم اللجوء إلى قاعدة كسر التعادل مرتبة كالتالي :
أكبر عدد من النقاط التي تم الحصول عليها في مباريات المجموعة بين الفريقين المعنيين.
فارق الأهداف الناتج من مباريات المجموعة بين الفرق المعنية. (لا يطبق هنا قاعدة احتساب الهدف بهدفين خارج الأرض)
أكبر عدد من الأهداف المسجلة في مباريات المجموعة بين الفرق المعنية. (لا يطبق هنا قاعدة احتساب الهدف بهدفين خارج الأرض)
فارق الأهداف في جميع مباريات المجموعة.
أكبر عدد من الأهداف سجل في جميع مباريات المجموعة.
ركلات الترجيح من نقطة الجزاء في حالة تساوي فريقين اثنين فقط من هذه الفرق، وكلاهما على ميدان اللعب.
أقل درجة محسوبة وفقا لعدد البطاقات الصفراء والحمراء المحتسبة في مباريات المجموعة ؛ (نقطة لكل بطاقة صفراء و 3 نقاط عن كل بطاقة حمراء نتيجة إنذارين، 3 نقاط لكل بطاقة حمراء مباشرة، 4 نقاط لكل بطاقة صفراء تليها بطاقة حمراء مباشرة)
سحب القرعة.
الفائز والوصيف في كل مجموعة سيتأهل إلى الدور المقبل.
قرعة دور ال 16 من كأس الاتحاد الآسيوي لعام 2009 عقدت في 12 يناير 2009، جنبا إلى جنب مع قرعة مرحلة المجموعات. جرت مباريات غرب آسيا في 26 مايو، في حين أن مباريات شرق آسيا جرت في 23 يونيو.
قرعة الدور ربع النهائي، وما تبقى من مرحلة خروج المغلوب أجريت في كوالالمبور، ماليزيا 29 يونيو 2009.أقيمت مباريات الذهاب يوم 15 سبتمبر، ولعبت مباريات الجولة الثانية في 30 سبتمبر.