تأسس النادي عام 1978 تحت اسم "نادي زهران لكرة القدم". تم تسمية النادي على اسم قبيلة زهران وهم من أكبر القبائل في الباحة[4]
في عام 2001 ، غير النادي اسمه إلى "نادي العميد لكرة القدم" قبل تغيير اسمه إلى نادي العين في عام 2013.[5]
فاز العين بلقب دوري الدرجة الثالثة السعودي مرة واحدة في 2015-16 ،[6] وقبلها بخمس سنوات أنهى العين موسمه في الدرجة الثالثة السعودي في المركز الثاني في موسم 2010-11. وقبلها فاز النادي بدوري الباحة الإقليمي عشر مرات.
أمضى النادي أربعة مواسم غير متتالية في دوري الدرجة الثانية السعودي قبل أن ينتقل إلى دوري الدرجة الأولى السعودي في موسم 2017-18 بعد احتلاله المركز الثالث في المجموعة ب من دوري الدرجة الثانية، مستفيدا من القرار الصادر في ذلك العام بصعود 6 فرق للدرجة الأولى.أمضى العين موسمين متتاليين في دوري الدرجة الأولى السعودي قبل أن يرتقوا إلى الدرجة الممتازة في كرة القدم السعودية في نهاية موسم 2019-20 بعد احتلالهم المركز الثالث.ولكنهم عادو للهبوط في نهاية موسم 2021 الى الدرجة الأولى السعودي. يلعب النادي مبارياته على أرضه على ملعب مدينة الملك سعود الرياضية في الباحة ، ويتقاسم الملعب مع منافسه في الديربي نادي الحجاز.[7]